Phim Chàng Otaku Và Hai Nàng Gal Bí Ẩn (Otaku Ni Yasashii Gal Wa Inai!?) là một câu chuyện thú vị về cuộc sống của một chàng trai hướng nội tên Takuya Seo. Takuya là một otaku chính hiệu, luôn cố gắng sống lặng lẽ tại trường, nhưng mọi thứ bắt đầu thay đổi khi hai cô nàng “gal” sành điệu trong lớp bắt đầu chủ động tiếp cận cậu. Đó là Kei Amane, một cô gái cực ngầu nhưng đôi khi lại rất lơ đãng, và Kotoko Ijichi, một nữ sinh luôn tràn đầy năng lượng và vui vẻ.
Mặc dù tính cách của cả ba hoàn toàn khác biệt, nhưng họ sớm trở nên thân thiết nhờ niềm đam mê chung dành cho anime, trò chơi điện tử và văn hóa fandom. Takuya cảm thấy mình đã tìm thấy những người bạn thực sự hiểu và chia sẻ đam mê của mình. Tuy nhiên, một câu hỏi lớn vẫn luôn quẩn quanh trong đầu Takuya: Liệu những cô nàng gal xinh đẹp và tốt bụng như Kei và Kotoko có thực sự tồn tại ngoài đời không?! Đây là câu hỏi mà Chàng Otaku Và Hai Nàng Gal Bí Ẩn (Otaku Ni Yasashii Gal Wa Inai!?) đặt ra, và qua đó, phim cũng khám phá ý tưởng về việc liệu những cô nàng gal có thể thực sự tốt bụng với otaku hay không, như tên gốc Gals Can’t Be Kind To Otaku!? đã gợi ý.
Qua câu chuyện của Takuya và hai cô nàng gal, Chàng Otaku Và Hai Nàng Gal Bí Ẩn (Otaku Ni Yasashii Gal Wa Inai!?) mang đến một góc nhìn mới về cuộc sống của những người đam mê anime và trò chơi điện tử. Phim cho thấy rằng, mặc dù họ có thể có những sở thích và đam mê khác biệt, nhưng họ vẫn có thể tìm thấy sự kết nối và bạn bè thực sự. Và qua đó, phim cũng đặt ra câu hỏi về việc liệu những mối quan hệ này có thể tồn tại lâu dài hay không.